Rachunkowość zarządcza może być skutecznym narzędziem do planowania biznesowego, rozwoju strategicznego i monitoringu wewnętrznego. Jednocześnie istnieją potencjalne problemy, które mogą powstać, polegając wyłącznie na informacjach administracyjnych dotyczących zarządzania. Opieranie się wyłącznie na rachunkowości zarządczej może być niebezpieczne i prowadzić firmę w niewłaściwym kierunku. Menedżerowie muszą zdawać sobie sprawę z wad rachunkowości zarządczej, aby mogli ocenić przekazane informacje w krytyczny sposób. Menedżerowie, którzy mogą to zrobić, będą mogli używać informacji z rachunkowości zarządczej w połączeniu z innymi informacjami do podejmowania świadomych decyzji biznesowych.
Brak standaryzacji
Rachunkowość finansowa jest wysoce ustandaryzowana, a księgowi finansowi stosują wytyczne, takie jak ogólnie przyjęte zasady rachunkowości (GAAP). W przeciwieństwie do tego, rachunkowość zarządcza nie ma zestawu standardowych procedur. Księgowa ds. Zarządzania może opracować własne systemy i dane do oceny finansów organizacji. Wadą tego jest to, że metoda jednego księgowego może się znacznie różnić od innej metody. Może to powodować niespójności w sposobie mierzenia wskaźników finansowych i ocen. Wymaga także od księgowych większej wiedzy i umiejętności interpretowania systemów księgowych opracowanych przez innych.
Nadmierny nacisk na informacje ilościowe
Dane ilościowe mogą być cenne w podejmowaniu świadomych decyzji biznesowych. Rachunkowość zarządcza koncentruje się jednak wyłącznie na miarach ilościowych i pomija czynniki, których nie można zmierzyć w dolarach i centach. Na przykład może wydawać się, że ma sens finansowy przeniesienie zakładu produkcyjnego do regionu o niższych kosztach płac. Rachunkowość zarządcza może obliczyć oszczędności płac i pewne wzrosty kosztów, które mogą wystąpić (na przykład koszty wysyłki lub należności celne przywozowe). Rachunkowość zarządcza nie może jednak brać pod uwagę takich czynników, jak oszczędności związane z dobrą wolą członków społeczności w regionie lub problemy z public relations, które mogą wynikać z takiej decyzji. Rachunkowość zarządcza jest bardzo racjonalna, ale czasami bycie całkowicie racjonalnym może być wadą.
Subiektywność
Rachunkowość zarządcza pozwala na dużą subiektywność przy tworzeniu metryk i metod pomiaru wydajności. Jest to problematyczne, ponieważ osobiste przekonania księgowego i uprzedzenia mogą mieć wpływ na sposób mierzenia wydajności. Na przykład, jeśli rachunek menedżerski jest wymagany do mierzenia produktywności pracowników, może skupić się wyłącznie na wynikach i nie brać pod uwagę nakładów pracy, które mogą mieć głęboki wpływ na ogólną produktywność. Dotyczy to zarówno firmy, jak i pracowników. Firma jest dotknięta, ponieważ informacje, których używa, mogą nie być najlepsze, a pracownicy mogą zostać dotknięci, jeśli uważają, że nie są sprawiedliwie oceniani.