Dzisiaj ludzie, którzy chcą wysyłać towary (lub przesuwać ludzi), prawdopodobnie zdadzą sobie sprawę, że nie zawsze ma sens trzymanie się tylko jednego środka transportu. Na przykład ładunek może zostać wyładowany ze statku na ciężarówkę, która przenosi go na dworzec kolejowy, z którego zostanie przewieziony przez cały kraj pociągiem. Transport intermodalny może być bardziej wydajny i tańszy; w niektórych przypadkach ma jednak wyraźne wady pod względem szybkości i niezawodności.
Prędkość
Chociaż transport intermodalny oferuje korzyść ze stosunkowo niskich kosztów w porównaniu do innych metod, uzyskuje to poprzez poświęcanie prędkości; w dowolnym momencie ładunek jest przenoszony na stosunkowo wolniejsze środki transportu, na przykład pociągi, które poruszają się na stałych szynach, które mogą nie oferować tak bezpośredniej drogi jak drogi używane przez ciężarówkę, zwalniają. Aby działać z maksymalną wydajnością, transport intermodalny musi również zmniejszyć ilość czasu spędzanego w magazynie na przybycie nowego przewoźnika lub na ładunek do rozładunku.
Brak niezawodności
Ze względu na poleganie na więcej niż jednym rodzaju transportu, transport intermodalny również podlega niższej ogólnej niezawodności; wraz ze wzrostem łańcucha różnych trybów zwiększa się również prawdopodobieństwo jakiegokolwiek powiązania łańcucha. Jest to szczególnie problematyczne, gdy jednym z rodzajów transportu jest kolej; koleje są bardziej podatne na opóźnienia spowodowane przez złą pogodę lub awarię sprzętu. Z tego powodu, oprócz obaw związanych z szybkością, spedytorzy, którzy wymagają niezawodnego, szybkiego transportu, są mniej skłonni rozważyć systemy intermodalne.
Uszkodzić
Ilekroć ładunek ma się przemieszczać, spedytorzy ryzykują możliwość uszkodzenia, ponieważ ładunek jest przenoszony z jednej metody transportu na drugą. Na szczęście to zagrożenie może zostać złagodzone, ale dzieje się tak na ogół z powodu nadmiernego pakowania poprzez dodanie dodatkowych środków wzmacniających i ochronnych, niż byłoby to zwykle uważane za wystarczające. Ta dodatkowa waga i koszty częściowo przeciwdziałają zaletom transportu intermodalnego pod względem efektywności energetycznej i kosztów.
Wysokie koszty infrastruktury
Intermodalny transport towarowy również cierpi z powodu stosunkowo wysokich kosztów infrastruktury. Konteneryzacja obniżyła koszty i utrudnienia w transporcie towarów poprzez ujednolicenie ich formy; spedytorzy mogą z łatwością przenieść ten sam kontener ze statku do pociągu do ciężarówki. Jednakże obsługa tych kontenerów wymaga, aby spedytorzy posiadali ciężkie dźwigi i sprzęt niezbędny do manipulowania dużymi kontenerami; ta infrastruktura może nie istnieć we wszystkich miejscach, szczególnie w krajach rozwijających się.
